Escolhido o tronco está na altura certa de tratá-lo, nao esquecer que tem de estar bem seco. A primeira coisa a fazer é lavá-lo bem em água corrente. Use uma escova (eu utilizo uma grosa) para retirar a sujidade superficial. O segundo passo é colocá-lo dentro de um recipiente adequado ao tamanho do tronco, no qual nunca tenha sido usado qualquer tipo de produto químico. Encha-o com água a ferver, deixe alguns minutos e deite a água fora (repetir este processo num mínimo de três vezes). O próximo passo (3º) é deixar o tronco, nesse recipiente, com água e sal grosso (2 colheres para cada 5 litros) durante uma semana. Depois lave-o bem em água corrente e deixe-o dentro do recipiente em água sem sal, todo coberto, durante o tempo necessário ao seu afundamento, trocando a água nos primeiros cinco dias e depois de três em três dias. O quinto passo, ferver o tronco/raiz durante um período de tempo não inferior a 30 minutos. Para os troncos comprados deve-se proceder ao 5ºpasso. Por último, pôr o tronco no aquário depois de arrefecido.


Tratamento com cloro ativado
1. O tronco deve ser submerso em recipiente com volume suficiente para cobri-lo totalmente, adicionando durante 7 dias 1 ml de cloro ativo para cada 10 litros d’água;
2. Troque á água e deixe o tronco descansar por mais sete dias, para que o cloro excesso seja totalmente removido;
3. Caso seja possível, adicione água quente sobre o tronco, para eliminar agentes resistentes ao cloro.
Tempo requerido de tratamento: 18 dias


Tratamento com sal grosso
1. O tronco deve ser submerso em recipiente com volume suficiente para cobri-lo, adicionando 4 colheres de chá para cada litro de água;
2. Completar a água do recipiente para manter o tronco sempre submerso.
Tempo requerido para deixar de tingir a água: 25 dias


Tratamento com imersão em água da rede de distribuição
1. O tronco deve ser submerso em recipiente com volume suficiente para cobri-lo, com água da rede distribuidora (torneira);
2. Trocar a água a cada três ou quatro dias.
Tempo requerido para deixar de tingir a água: 35 dias


Tratamento com imersão em água quente
1. O tronco deve ser submerso em recipiente com volume suficiente para cobri-lo;
2. Despejar água fervente sobre o tronco e deixar descansar;
3. Trocar a água a cada três ou quatro dias.
Tempo requerido para deixar de tingir a água: 28 dias


Tratamento com cloro, sal grosso e imersão em água quente
1. O tronco deve ser submerso em recipiente com volume suficiente para cobri-lo, adicionando 1 litro de cloro para cada 2 litros de água, deixando-o em repouso durante 24 horas;
2. Colocar o tronco em outro recipiente para que a água possa ser aquecida ao ponto de ebulição (100°C) durante 15 minutos e deixe descansar por 24 horas;
3. No terceiro dia adicionar 200 g de sal grosso à água a ser fervida, conforme o item 2;
4. Troque a água diariamente e repita o item 2 até a água se apresentar limpa.
Tempo requerido para deixar de tingir a água: 7 dias

Troncos:
Aqui fica uma pequena lista de plantas cujos Troncos/raízes podemos colocar no aquário:
Cerejeira
Videira
Carvalho
Azinheiro
Oliveira
Zambujeiro
Castanheiro
Sobreiro (espécie protegida)
Red moor wood (vende-se nas lojas de aquariofília. É uma madeira originária da Índia)

Tirei esta informação de um outro forum com a devida autorizaçao do autor, Jorge Oliveira, visto achar bastante interessante e já ter-me ajudado muito.

 Espero que este artigo vos venha a ser um dia útil